Van Gogh Nationaal Park is bijzonder rijk aan overgangen tussen hoog en laag, nat en droog, rijk en arm, zand en veen. Dat maakt de natuur in het gebied bijzonder veelzijdig en rijk. De beekdalen verbinden de verschillende soorten landschapstypen ieder met rijke flora en fauna.
De hoge dekzandruggen waren lange tijd ongeschikt voor landbouw en bleven daardoor woeste gronden met heide, bos of stuifzand. Vanaf de tijd van Van Gogh werden ze ontgonnen of beschermd als natuurgebied, zoals bij de Loonse en Drunense Duinen, de Oisterwijkse Vennen en de Oirschotse Heide.
Tussen de zandruggen lagen uitgestrekte, natte broekgebieden die gebruikt werden als grasland of nat bos. In het Van Gogh Nationaal Park zijn ze nog steeds zichtbaar in waardevolle natuurgebieden als het Moergestels Broek en Het Bossche Broek.
In het oosten van Van Gogh Nationaal Park ligt Brabants Leem, een nat gebied met een dichte leemlaag die unieke leembossen en populierenlandschappen voortbracht. De Scheeken en De Mortelen zijn prachtige voorbeelden van dit rijke, vochtige landschap.
Langs de kronkelende beken ontstonden weiden en hooilanden vol leven, waar de natuurlijke stroom bewaard bleef. In het Dommeldal en de Chaamse Beken is dat oude bekenlandschap nog altijd zichtbaar.